يعد تصميم المتحف المصرى واحدا من أبرز تصميمات المهندس الفرنسي مارسيل دورنون حيث يضم أكثر من مائة قاعة عرض مقسمة على طابقين رئيسين، تم عرض القطع الأثرية فى الطابق الأرضى طبقا للتسلسل التاريخى بينما تم عرض القطع الأثرية بالطابق الأول وفقا للموضوعات الحضارية المعبرة عنها.
كما يضم المتحف بدروم شاسع لتخزين القطع الاثرية التى لم يتم عرضها بالاضافة الى مخزن آخر فى الدور الثالث للمتحف.
