بدأ بنائه عام١٩٠٨ على يد مرقس سميكا باشا (1944-1864) -أول مدير متحف مصرى- ، بدعم من الكنيسة القبطية متمثلة فى البابا كيرلس الخامس البطريرك ١١٢، وافتتح المتحف رسميآ يوم 14مارس ١٩١٠ .

يقع المتحف في مصر القديمة (مجمع الأديان)، داخل أسوار حصن بابليون الرومانى، وتحيط به مجموعة من أقدم وأهم الكنائس في مصر ، أشهرها كنيسة السيدة العذراء و الكنيسة المعلقة و كنيسة أبى سرجة، وأقدم معبد يهودي (بن عزرا ) الذي يعود تاريخه إلى القرن التاسع الميلادي،

و على بعد دقائق قليلة سيراً على الأقدام من المتحف، يوجد مسجد عمرو بن العاص .

نصحبكم اليوم في جولة افتراضية داخل هذا المتحف الفريد.