حصل مشروع المتحف المصري الكبير على الشهادة الدولية EDGE Advance للمباني الخضراء والمعتمدة من مؤسسة التمويل الدولية أحد مؤسسات مجموعة البنك الدولي، كأول متحف أخضر في أفريقيا والشرق الأوسط. تضمن تقييم المتحف، ترشيد الطاقة واستخدام الطاقة النظيفة، وتركيب الخلايا الشمسية، وأنظمة الإضاءة والتهوية الطبيعية.

وكان المتحف المصري الكبير قد حصل على 8 شهادات أيزو في مجال الطاقة والصحة والسلامة المهنية والبيئة والجودة، وحصل علي جائزة أفضل مشروع في مجال البناء الأخضر، كما حصل علي الشهادة الذهبية للبناء الأخضر والاستدامة وفقًا لنظام الهرم الأخضر المصري من المركز القومي لبحوث الإسكان والبناء.