قام ببنائه الخليفة الظافر بأمر الله الفاطمي في عام 543هـ/ 1148م، وكان يُسمى الجامع الأفخر أو جامع الظافر، ثم تغير الاسم لجامع الفكهاني نسبةً إلى محمد الأنور الفكهاني الذي قام بتجديده لاحقًا.
يعد مصراعي الباب الخشبي ذو الزخارف المتقنة هو الجزء المتبقي من الجامع الفاطمي. تم تجديد وإعادة بناء الجامع في عام 1148هـ/ 1735م على يد الأمير أحمد كتخدا مستحفظان الخربوطلي أحد أمراء العصر العثماني.
يعد جامع الفكهاني من الجوامع المعلقة، حيث أقيمت مجموعة حوانيت (دكاكين) أسفله، والتي أٌوقفت لدفع مستحقات من يعمل به. للجامع أربع واجهات، تعتبر الغربية منه هي الواجهة الرئيسية وبها المدخل الرئيسي. يتكون الجامع من الداخل من فناء مكشوف يحيط به أربعة أروقة للصلاة. أما مئذنة الجامع فهي على الطراز العثماني يتوجها قمة مخروطية الشكل. كما أُلحق بالجهة الشمالية من الجامع سبيل يعلوه كُتَّاب.
