كان موقع هذا المسجد بالأصل؛ مدرسة عُرفت بالمدرسة السيوفية، والتي أقامها السلطان صلاح الدين الأيوبي. ثم أعيد إنشاؤها على يد الأمير عبد الرحمن كتخدا في عام 1157هـ/1744م كمجموعة تتكون من مسجد جامع وسبيل وكُتَّاب، وتُعرف بمسجد المُطَهَر نسبةً إلى الضريح الموجود بالمسجد والذي يُنسب إلى الشيخ علي المُطَهَر.
للمنشأة واجهة واحدة تطل على شارع المعز لدين الله يتخللها المدخل الرئيسي ويعلوها مئذنة مبنية على الطراز العثماني حيث يتوج قمتها شكل مخروطي. يتكون المسجد من ثلاثة أروقة، ويعلو الرواق الأوسط شخشيخة للإضاءة والتهوية. يتميز محراب المسجد بالفسيفساء الرخامية ويجاوره المنبر الخشبي ذو الزخارف الهندسية، ونجد الدواليب الحائطية والروابط الخشبية بين الأعمدة التي تتميز بالزخارف النباتية الملونة. تقع بالطرف الغربي للمسجد تركيبة رخامية لأم الأمير عبد الرحمن كتخدا، ويجاورها قبة صغيرة بها تركيبة خشبية تُنسب للشيخ علي المُطَهَر.
كما ألحق بالمسجد سبيل لسقاية المارة، ويعلوه كُتَّاب. تتشابه واجهة هذا السبيل مع تصميم واجهة سبيل الأمير عبد الرحمن كتخدا بشارع المعز لدين الله.
