انتشرت السجون بالقلعة في مختلف العصور باعتبارها منشأة عسكرية من الطراز الأول. ذكر المؤرخون وجود أكثر من سجن بالقلعة مثل الجب الكبير (والجب عبارة عن حفرة عميقة تحت سطح الأرض أشبه بالبئر ويتم الوصول إليها عن طريق سلالم ويغلق عليها باب)، وكان يقع بجوار جامع سليمان باشا الخادم بالجهة الشمالية من القلعة.
أما متحف السجن الحالي أنشأه الخديوي إسماعيل بعد نقله مقر الحكم إلى قصر عابدين عام 1874م، ليقوم بتوسعته لاحقًا الخديوي توفيق. تولت الشرطة الحربية "البوليس الحربي" زمام أمور السجن بعد ثورة يوليو 1952م. اشتهر سجن القلعة بأنه كان مقر حبس أبرز الشخصيات العامة والسياسية خلال القرن الماضي مما أسهم في تحويله لاحقًا إلى متحف ومزار سياحي.
السجن عبارة عن ممر طوله 50 متر تقريبًا يحتوي على مجموعة من الزنازين مقسمة على قطاعين أحدهما شرقي والآخر غربي. بالإضافة إلى احتوائه على مجموعة من الغرف المخصصة لتعذيب السجناء كوسيلة لإجبارهم على الاعتراف والتي تمت محاكاتها من خلال تماثيل الشمع. من أشهر غرف التعذيب؛ غرفة "الحلقات" التي صممها الفرنسي "لوميان" في عهد الملك فؤاد عام 1932 م على غرار غرفة شبيهة بسجن الباستيل الفرنسي الشهير .
الأحد
الإثنين
الثلاثاء
الأربعاء
الخميس
الجمعة
السبت
08:00 صباحا
04:00 مساء
