خلال الأسرة الثانية عشرة بالدولة الوسطى، بدأت أعداد كبيرة من المهاجرين من بلاد الشام (منطقة فلسطين ولبنان وسوريا) في الوصول إلى مصر. استقر معظمهم في شمال شرق الدلتا. وعرفنا من أحد النصوص المعاصرة لتلك الفترة أنه أطلق على أحد قادة هؤلاء المهاجرين لقب "حكا خاسوت" أي حاكم الأراضي الأجنبية"، وهي الكلمة المألوفة أكثر لنا اليوم في شكلها الإغريقي "الهكسوس". ولا نعرف كيف وصل الهكسوس إلى السلطة، لكن الأسرة الثالثة عشرة الأضعف لم تكن قادرة على منع هذا الأمر، حيث نقلت الاسرة الوطنية عاصمتهم من إيتت تاوي في الشمال إلى طيبة (الأقصر الحديثة) في صعيد مصر، بعيدًا عن دائرة نفوذ الهكسوس.
هكذا بدأ عصر الانتقال الثاني على يد أسرة الهكسوس الخامسة عشرة الذين أسسوا عاصمتهم في أواريس (تل الضبعة الحديثة) في شمال شرق الدلتا ونجحوافي السيطرة على معظم أنحاء البلاد بداية من في الشمال وصولاً إلى القوصية (قيص القديمة كوساي باليونانية) في مصر الوسطى بما فيها مدينة منف. في المقابل كانت الحضارة النوبية بمنطقة كرمة آخذة في التقدم ونجحت في السيطرة على الجنوب. وبين تلك القوة والهكسوس، بقي مجوعة من الملوك المحليين في صعيد مصر يسيطرون على محيط طيبة. ويبدو أن الأسرة الرابعة عشرة الغامضة والمتمركزة في خويس (سخا الحديثة بالقرب من كفر الشيخ) في وسط الدلتا ، قد تعايشت مع الهكسوس على الأقل في البداية قبل أن تتلاشى. ويبدو أن أسرة أخرى لم تدم طويلاً كانت متمركزة في أبيدوس.
تطورت الثقافة المصرية القديمة في ظل حكم الهكسوس، وكذلك العصر البرونزي لسكان بلاد الشام. تتجلى جوانب كثيرة من هذه الثقافة في أواريس مثل أسلوب الفخار والأسلحة وتخطيط المنزل وعادات الدفن. فعلى سبيل المثال كانت مقابرهم تقع داخل مناطق المعيشة، وليس في مقبرة خارج المدينة كما كان في السابق.
من غير المعروف ما الذي يميز حركة الانتقال من الأسرة الثالثة عشرة التي انتقلت من إيتت تاوي إلى طيبة خلال السادسة عشرة التي انتقلت هي نفسها إلى السابعة عشرة. كل من هذه الأسرات كانت عسكرية تماما، ومع ذلك، نمت قوتهم مع مرور الوقت. كان ملوك الأسرة السابعة عشرة أثرياء وذوي الخبرة والقوة الكافية لشن حرب ضد الهكسوس. حقق الملكان تاعا سقنن رع و ابنه كامُس، تقدما عسكرياً كبيرا. ويبدو أن الأول قد استشهد خلال إحدى المعارك ضد الهكسوس. حينها نجح أحمس في استرداد الأرض من الهكسوس وتمكن من دخول أواريس وطرد الهكسوس من البلاد، ولم يكتف بذلك بل قام بغزوات في جنوب فلسطين وأخرى جنوبًا في النوبة.
تمثل هذه الأحداث بداية الأسرة الثامنة عشرة وبداية الدولة الحديثة وعصر الإمبراطورية المصرية. كان لعصر الانتقال الثاني آثار طويلة الأمد على التاريخ المصري، حيث تم إدخال تقنيات جديدة في إلى مصر من الشرق الأدنى مثل الآلات الموسيقية والألعاب وعجلة الفخار المتطورة ومحاصيل زراعية جديدة وتكنولوجيا عسكرية حديثة أهمها الأقواس المركبة والخيول والعربة الحربية. ترك عصر الهكسوس في نفوس المصريين بمعظم أنحاء البلاد علامة لا تمحى حيث كان الغزو الأجنبي تهديدًا حقيقيًا للغاية، ولم تكن حصون الحدود وحدها كافية لحماية حدود مصر. حينها انتهج ملوك الدولة الحديثة سياسة توسعية قوية.
